云南白药由云南名医曲焕章创制，由独家掌握其配方并秘密配制。

清光绪六年（1880年）出生的曲焕章，光绪二十八年（1902年）就研制出了百宝丹，那时他才年仅22岁，如此年轻的一个山村郎中是怎样研制出日后闻名天下的云南白药的呢？而那些流传于街头巷尾、茶楼酒肆的故事，相对于白药渊源本身来说，似乎显得更为神奇。传说有一天，曲焕章上山采药，看见两条蛇正在缠斗。过了一会儿，其中一条败退下来。这条气息奄奄的蛇游到一块草地上蠕动了起来。此时，奇迹发生了，不一会儿，蛇身上的伤口变得完好如初。曲焕章等蛇游走后，拿起那草仔细辨认，他认定这草一定有奇效。于是，综合民间传说和自己平时疗伤止血的经验，曲焕章终于创制出了百宝丹。

曲焕章原来是云南江川一带有名的伤科医生，后为避祸乱，游历滇南名山，求教当地的民族医生，研究当地草药，苦心钻研，改进配方，历经十载，研制出“百宝丹”，另外他还研制出虎力散、撑骨散的药方。

民国五年（1916年），曲焕章将它们与白药的药方一起交给云南省政府警察厅卫生所检验，合格后颁发了证书，允许公开出售。

民国六年（1917年），云南白药由纸包装改为瓷瓶包装，行销全国，销量骤增。

民国十二年（1923年）后，云南政局混乱，曲焕章在此期间，钻研配方，总结临床经验，使云南白药达到了更好的药效，形成了“一药化三丹一子”，即普通百宝丹、重升百宝丹、三升百宝丹、保险子。此时百宝丹已经享誉海外，在东南亚地区十分畅销。

民国二十年（1931年），曲焕章在昆明金碧路建成“曲焕章大药房”。

1955年，曲焕章的妻子缪兰英向政府献出该药的配方，之后云南白药开始在其他药厂生产。

1956年，国务院保密委员会将该处方、工艺列为国家保密范围。卫生部在关于《卫生工作中国家秘密及其密级具体范围的规定》说明中明确表示 “ 绝密级事项其一就是被列为国家重点保护的中药制剂，是指由卫生部确定的中成药。如云南白药，其保密期限为长期。”

1984年8月，国家医药管理局将云南白药配方、工艺列入国家绝密。 

随着制药业的发展，不同剂型的需求日显突出。2000年开始，云南白药推出“传统中药现代化”战略，通过实施产品研发与创新，除散剂外，还开发出胶囊剂、酊剂、膏剂、气雾剂等。除此之外依病情不同，有经验的医生还会把云南白药于其他药物配伍，制成其他剂型。